Ngày 26.9.2002, tàu phà Joola khởi hành từ Ziguinchor ở vùng Casamance trong chuyến chạy thường xuyên giữa miền nam Sénégal tới thủ đô Dakar vào khoảng lúc 1 giờ 30 chiều. Ở thời điểm của chuyến đi, tàu này được thiết kế để chở khoảng 580 hành khách. Tuy nhiên, người ta cho rằng tổng cộng có gần 2.000 hành khách có mặt trên tàu, trong đó có 185 người lên tàu từ Carabane, một đảo không có cảng chính thức cho hành khách lên xuống tàu. Vẫn chưa biết rõ số lượng hành khách chính xác, nhưng có 1.034 người có mua vé. Số còn lại thì không có vé do họ không buộc phải mua vé (các trẻ em dưới 5 tuổi), hoặc do họ đi lậu như vẫn thường xảy ra.[2]Cuộc gọi cuối cùng từ nhân viên tàu phà Joola tới Trung tâm an ninh hàng hải ở Dakar được phát đi lúc 10 giờ tối và cho biết tình trạng chuyến đi tốt đẹp. Vào khoảng 11 giờ tối, tàu gặp cơn bão ở ngoài bờ biển Gambia. Do biển động và gió mạnh, tàu nhanh chóng bị lật, quăng các hành khách và hàng hóa xuống biển. Các báo cáo chi tiết cho biết tai nạn xảy ra trong vòng chưa tới 5 phút.

Trong khi nhiều hành khách có thể đã bị giết trong lúc lật tàu hoặc ngay sau đó, thì hình như một số đông đã sống sót và chỉ chết đuối trong khi chờ cứu hộ. Các đội cứu hộ của chính phủ đã không tới nơi xảy ra tai nạn cho tới sáng hôm sau, mặc dù các ngư dân địa phương đã cứu được một số người sống sót lênh đênh trên biển nhiều giờ trước đó. Trong số ước lượng 2.000 hành khách, chỉ có khoảng 64 người sống sót, trong đó chỉ có một phụ nữ (Mariama Diouf, lúc đó đang mang thai) trong số hơn 600 hành khách nữ trên tàu.[3]

Một thời gian trước khi các đội cấp cứu chính thức tới nơi, thì các ngư dân địa phương ở gần nơi tai nạn đã dùng các thuyền độc mộc của họ nỗ lực vớt các người sống sót. Họ đã cứu được một số người và cũng vớt được nhiều xác trôi lềnh bềnh quanh tàu. Lúc 2 giờ chiều, họ cứu được một cậu bé 15 tuổi. Cậu bé này xác nhận vẫn còn nhiều người còn sống bị kẹt ở trong tàu; họ nói rằng có những tiếng ồn và tiếng kêu la sợ hãi từ trong tàu vang ra.[4]

Tàu Joola vẫn bị lật nhưng nổi trên mặt nước tới khoảng 3 giờ chiều, rồi cuối cùng chìm xuống dưới nước, kéo theo những người không thể thoát ra khỏi tàu.[2]